Theo quy định mới về hóa đơn điện tử tại Nghị định 123 của Chính phủ và Thông tư 787 của Bộ Tài chính, doanh nghiệp sẽ không được xuất hóa đơn cách số hay lùi ngày. Cụ thể, sau khi nhập dữ liệu, xuất hóa đơn, doanh nghiệp sẽ thực hiện ký số và gửi lên cơ quan Thuế để thực hiện cấp mã, sau đó gửi hóa đơn cho người mua.

Như vậy, ngay tại thời điểm xuất hóa đơn, doanh nghiệp phải lập tức gửi hóa đơn điện tử lên cơ quan thuế để đảm bảo hóa đơn có giá trị pháp lý. Điều này đang gây khó khăn cho doanh nghiệp.

Tại hội thảo, đại diện Tập đoàn Masan cho biết, để đáp ứng thực hiện quy định xuất hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền, hệ thống siêu thị của tập đoàn có thể phải xuất tới 18 triệu hóa đơn điện tử trong 1 tháng, doanh nghiệp phải đầu tư hạ tầng, đường truyền với chi phí hàng chục tỷ đồng mỗi năm. Điều này gây khó khăn trong việc kinh doanh của doanh nghiệp.

Cùng hoàn cảnh, đại diện Công ty Bảo hiểm Nhân thọ Daiichi Life Việt Nam bày tỏ đang gặp khó khăn khi thực hiện định dạng hóa đơn điện tử theo yêu cầu của ngành thuế. Theo đó, doanh nghiệp không nhận được sự hỗ trợ kịp thời của cơ quan thuế khi thay đổi định dạng hóa đơn điện tử theo yêu cầu của cơ quan thuế.

Do đó, doanh nghiệp phải loay hoay tự làm và gặp nhiều vướng mắc. Chính vì vậy, Daichi đề nghị cơ quan thuế cập nhật danh sách doanh nghiệp bỏ trốn, doanh nghiệp có hóa đơn điện tử bất hợp pháp và cảnh báo sớm. Điều này nhằm giúp doanh nghiệp không phải sửa lại tờ khai thuế nhiều lần.

Từ tháng 12/2022, Bộ Tài chính triển khai hệ thống hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền. Đến tháng 6/2023, cả nước có gần 26.000 cơ sở kinh doanh đã áp dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền.

Tại hội thảo, ông Đặng Ngọc Minh - Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế - cho biết, cơ quan thuế ghi nhận kiến nghị của doanh nghiệp về xuất hoá đơn từ máy tính tiền. Cơ quan thuế sẽ nghiên cứu, sửa đổi phù hợp, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp.

Đối với kiến nghị về hóa đơn điện tử, ông Minh cho biết, hiện nay vẫn có doanh nghiệp “ma” tồn tại. Vì vậy, ngành thuế bổ sung thêm trường hợp bị dừng xuất hóa đơn điện tử và mong muốn lắng nghe ý kiến doanh nghiệp về quy định này.

Theo cơ quan thuế, hiện nay có 7 trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử. Tuy nhiên, thời gian qua đã phát sinh một số vụ án gian lận trong quá trình sử dụng hóa đơn điện tử khi hoàn thuế giá trị gia tăng.

Cơ quan thuế đề xuất 5 trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử, gồm: cơ quan chức năng phát hiện và thông báo cho cơ quan thuế dấu hiệu doanh nghiệp được thành lập để thực hiện mua bán, sử dụng hóa đơn điện tử không hợp pháp. Người nộp thuế bị giám sát trọng điểm về thuế. Người nộp thuế có dấu hiệu bất thường theo tiêu chí đánh giá rủi ro về thuế. Hộ kinh doanh nộp thuế theo phương pháp kê khai chuyển đổi sang phương pháp khoán hoặc nộp thuế theo từng lần phát sinh. Người nộp thuế có văn bản đề nghị tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.