Theo hướng dẫn quy trình thực hiện kết nối với hệ thống thông tin quốc gia quản lý kê đơn thuốc và bán thuốc theo đơn của Bộ Y tế, bác sĩ kê đơn thuốc đăng ký thông tin để được cấp mã định danh trên hệ thống tại trang thông tin điện tử: www.donthuocquocgia.vn hoặc gửi thông tin cho cơ sở đơn vị mình đang làm việc để đăng ký tập thể.
Sau đó, bác sĩ tiếp nhận lưu giữ: Mã định danh của cá nhân (bao gồm tài khoản và mật khẩu). Sau khi phần mềm quản lý cơ sở khám, chữa bệnh hoàn thiện chỉnh sửa, thực hiện việc kê đơn thuốc như các thao tác đã làm trước đây và hệ thống công nghệ thông tin tự động thực hiện việc gửi báo cáo đơn thuốc. Để gửi được đơn thuốc lên donthuocquocgia.vn, cần lưu ý lấy phiên đăng nhập của bác sĩ, phiên đăng nhập hiện nay cho thời gian hiệu lực là 7 ngày.
Đặc biệt, theo hướng dẫn của Bộ Y tế, người dân có thể tự tra cứu, tìm kiếm đơn thuốc của chính mình thông qua mã đơn thuốc trên hệ thống tại trang thông tin điện tử: www.donthuocquocgia.vn.
Theo Bộ Y tế, các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh có thể cử cán bộ thực hiện việc đăng ký thông tin của cơ sở và người kê đơn thuốc tại cơ sở lên trang thông tin điện tử: www.donthuocquocgia.vn hoặc tập hợp danh sách gửi cho Sở Y tế địa phương, Bộ Y tế.
Cục Quản lý khám, chữa bệnh (Bộ Y tế) có trách nhiệm quản lý, vận hành hệ thống thông tin quốc gia về quản lý kê đơn thuốc và bán thuốc theo đơn bảo đảm hiệu năng, an toàn thông tin theo quy định pháp luật.
Sở Y tế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, y tế ngành liên hệ với Cục Quản lý khám, chữa bệnh để được cấp tài khoản quản trị của mình.
Sở Y tế, y tế ngành đề nghị, các cơ sở hành nghề y và người hành nghề (trong phạm vi quản lý của mình) thực hiện đăng ký thông tin cấp mã định danh lên hệ thống tự động tại trang thông tin điện tử: www.donthuocquocgia.vn (Thư mục: Đăng ký bác sĩ - Đăng ký cơ sở) hoặc tập hợp danh sách gửi lên Cục Quản lý khám, chữa bệnh để đăng ký với số lượng lớn.
Cán bộ chuyên môn của Sở Y tế địa phương, y tế ngành phụ trách đọc kiểm tra tài liệu do cơ sở và người hành nghề đăng ký và phê duyệt thông tin. Sau khi phê duyệt, mã định danh sẽ được hệ thống tự động cấp cho mỗi hồ sơ. Cán bộ sở, y tế ngành có trách nhiệm bàn giao mã định danh của người hành nghề và cơ sở hành nghề tới từng đơn vị.