Về các cơ quan đầu mối thực hiện các Chương của Hiệp định RCEP, Phó Thủ tướng chỉ định Bộ Công Thương chủ trì thực hiện Chương 1 - Các điều khoản ban đầu và định nghĩa chung; Chương 3 - Quy tắc xuất xứ; Chương 7- Phòng vệ thương mại; chương 8- Thương mại dịch vụ; Chương 13 - Cạnh tranh;...

Đối với Chương 2 - Thương mại hàng hóa, cơ quan chủ trì thực hiện là Bộ Công Thương (đối với các nội dung về thuế nhập khẩu của các nước thành viên RCEP, quy định chung và quản lý xuất nhập khẩu); Bộ Tài chính (đối với các nội dung về thuế nhập khẩu của Việt Nam); Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (đối với các nội dung liên quan đến nông sản).

Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) chủ trì thực hiện Chương 4 - Các thủ tục hải quan và Thuận lợi hóa thương mại. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì thực hiện Chương 5 - Các biện pháp an toàn thực phẩm và kiểm dịch động thực vật.

Với Chương 11 - Sở hữu trí tuệ, cơ quan chủ trì thực hiện là Bộ Khoa học và Công nghệ (đối với các vấn đề chung, nội dung liên quan đến sở hữu công nghiệp và thực thi quyền sở hữu trí tuệ); Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch (đối với nội dung liên quan đến quyền tác giả, quyền liên quan); Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (đối với nội dung liên quan đến quyền với giống cây trồng).

Phó Thủ tướng cũng chỉ định các cơ quan đầu mối để tiếp nhận, trao đổi thông tin và đầu mối liên lạc với các nước Đối tác; chỉ định các cơ quan đầu mối tham gia các Ủy ban thực hiện Hiệp định RCEP...

Trong quá trình triển khai Hiệp định, trường hợp cần điều chỉnh để phù hợp với tình hình thực tế, Bộ Công Thương chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.